Nobres de toda a Europa enviavam os filhos para serem cavaleiros templários, e isso fez com que a Ordem passasse a ser muito rica e popular em todo o continente europeu e
Oriente Médio.
Em 1298, Jacques de Molay foi nomeado
grão-mestre dos templários (assumiu o cargo após a morte de seu antecessor,
Teobaldo Gaudin), uma posição de poder e prestígio. Mas passou por uma difícil situação: as
Cruzadas não estavam atingindo seus objetivos. O
anticristianismo sarraceno derrotou as Cruzadas em batalhas, capturando algumas cidades e portos vitais dos cavaleiros templários e dos
hospitalários (outra ordem de cavalaria). Restou apenas um único grupo do confronto contra os sarracenos.
Os templários resolveram, então, se reorganizar e readquirir sua força. Viajaram para a ilha de
Chipre, esperando que a população se levantasse em apoio à outra Cruzada. Em vez de apoio público, os cavaleiros atraíram a atenção dos poderosos
senhores feudais, muito deles seus parentes, pois para se entrar na ordem teria de se pertencer à nobreza.
Em 1305, o
rei da França Filipe IV, o Belo (r. 1285–1314) resolveu obter o controle dos templários para impedir a ascensão da ordem no poder da
Igreja Católica. O rei era amigo de Jacques de Molay devido ao parentesco deles; o
delfim Carlos, mais tarde
Carlos IV(r. 1322–1328), afilhado de Jacques. Mesmo sendo seu amigo, o rei de França tentou juntar a ordem dos Templários e a dos Hospitalários, pois sentiu que as duas formavam uma grande potência econômica e sabia que a Ordem dos Templários possuía várias propriedades e outros tipos de riqueza.
Sem obter o sucesso desejado, de juntar as duas ordens e se tornar um líder absoluto, o então rei de França armou um plano para acabar com a Ordem dos Templários. Chamou o nobre francês
Esquino de Floyran com a missão de denegrir a imagem dos templários e de seu grão-mestre, e como recompensa receberia terras pertencentes aos templários logo após derrubá-los. O ano de 1307 marcou o começo da perseguição aos cavaleiros. Apesar de possuir um exército com cerca de 15 000 homens, Jacques foi a França para o
funeralde um membro
feminino da realeza francesa e levou consigo alguns cavaleiros. Onde foram capturados na madrugada de 13 de outubro por
Guilherme de Nogaret, homem de confiança do rei Filipe IV.
Durante sete anos, Jacques de Molay e os cavaleiros aprisionados na
masmorra sofreram torturas e viveram em condições subumanas. Enquanto isso, Filipe IV gerenciava as forças do
papa Clemente V (1305–1314) para condenar os templários e suas riquezas e propriedades foram confiscadas e dadas a proteção do rei. Mesmo após três julgamentos Jacques continuou sendo leal com seus amigos e cavaleiros, recusando-se a revelar o local das riquezas da Ordem e denunciar seus companheiros.
Em 18 de março de 1314, Jacques de Molay foi levado à Corte Especial. Como evidências, a corte dependia de confissões forjadas, supostamente assinadas pelo grão-mestre. Desmentiu as confissões, sob as leis da época a pena por desmentir era a morte.
Foi julgado pelo Papa Clemente V, e assim como Jacques de Molay o cavaleiro
Guido de Auvérnia desmentiu sua confissão e ambos foram condenados. Filipe IV ordenou que ambos fossem queimados naquele mesmo dia. Durante sua morte na fogueira intimou aos seus três algozes, a comparecer diante do tribunal de
Deus, amaldiçoando os descendentes do então rei de França.
Jacques de Molay assume o grão-mestrado da ordem em 1298, não se sabendo no entanto a data exata da sua eleição. Eleito em detrimento de outra figura de peso dentro da ordem,
Hugo de Pairaud, sobrinho do visitador do
templo em
França.
Outro assunto discutido durante o seu mestrado foi a fusão entre as duas maiores
ordens militares, a dos
Templários e a dos
Hospitalários. A Ordem do Templo com a perda de
Acre começava a ser questionada quanto à razão da sua existência. As suas funções de proteger os
peregrinos e de defender a
Terra Santa tinham cessado quando se retiraram para a ilha de Chipre. Em maio de 1307 em
Poitiers, Jacques de Molay junto do
papa Clemente V apresentou uma defesa contra a fusão e ela não se realiza.
Esta manobra régia impedira o inquérito pontifício pedido pelo próprio grão-mestre, o qual interno à
Igreja, discreto e desenvolvido com base no
direito canônico, emendaria a ordem das suas faltas promovendo a sua reforma interna.
A prisão, as torturas, as confissões do grão-mestre (De Molay nunca confessou as acusações como menciona anteriormente), criam um conflito diplomático com a
Santa Sé, sendo o papa o único com autoridade para efetuar esta ação. Depois de uma guerra diplomática face ao processo instaurado contra a ordem entre
Filipe, o Belo e
Clemente V, chegam a um impasse, pois estando o
grão-mestre e o
preceptor da
Normandia,
Godofredo de Charnaysob custódia dos agentes do
rei, estão no entanto protegidos pela imunidade sancionada pelo papa e absolvidos não podendo ser considerados
heréticos.
Placa assinalando o lugar da execução de Jacques de Molay, na
Île de la Cité, em Paris:
Neste local, Jacques de Molay, último Grão-Mestre da Ordem dos Templários, foi queimado, em 18 de março de 1314.
Em 1314, o rei pressiona para uma decisão relativa à sorte dos prisioneiros. Já num estado terminal da sua doença, com violentas hemorragias internas que o impedem de sair do leito, Clemente V ordena que uma comissão de bispos trate da questão. As suas ordens seriam a salvação dos prisioneiros ficando estes num regime de prisão perpétua sob custódia
apostólica e assegurando ao rei que a temida recuperação da ordem não será efetuada. Perante a comissão, Jacques de Molay e Godofredo de Charnay proclamam a inocência de toda a ordem face às acusações dirigidas a ela, a comissão para o processo e decide consultar a vontade do papa neste assunto.
Ao ver que o processo estava ficando fora do seu controle e estando a absolvição da ordem ainda pendente,
Filipe IV, o belo, decide um golpe de mão para que a questão templária fosse terminada. Ordena o rapto de Jacques de Molay e de Geoffroy de Charnay, então sob a custódia da comissão de bispos, e ordena que sejam queimados numa fogueira na
Île de la Cité, pouco depois das vésperas, em 18 de março de 1314.
Com isso Jacques de Molay passou a ser conhecido como um símbolo de lealdade e companheirismo, pois preferiu morrer a entregar seus companheiros ou faltar com seu juramento.